Эколого-биологический центр Евпатории действует как учреждение дополнительного образования для детей. Он является базой для обучения экологии и естествознания, как в теории, так и на практике. В Центре проводят экспериментальные и научно-исследовательские работы, организуют оздоровительные и экскурсионные мероприятия для всех желающих.

Занятия в ЭБЦ позволяют освоить натуралистические навыки, развить умения в таких направлениях, как туризм и краеведение, социальная педагогика, биология, экология и другие. Учебный год в данном учреждении длится с сентября по май. Действуют группы по возрастам: дошкольный, младший, старший и средний. 

В среднем программа осваивается за один год, но занятия в центре можно и нужно продолжать. Параллельно с обучением в образовательном учреждении проводятся конкурсы по эколого-натуралистическим направлениям, которые мотивируют юных учеников двигаться дальше.